Ve své vědecké práci se zabývá tématy experimentální a sociokulturní antropologie a archeologie, petroarcheologie a filozofie vědy. Publikoval mnoho vědeckých studií, prací a monografií, jak v ČR tak i v zahraničí.

Výběr z odborných publikací:
- Archeologie: Jak a proč?, 1975
- Základy petroarcheologie, 1975 (s Jindřichem Štelclem)
- Metody experimentu v archeologii, 1980
- Archaeology Yesterday and Today, 1990 (anglicky, se Zdeňkem Vašíčkem)
- Kámen a hlína jako ekofakt a artefakt ve vývoji životního prostředí, 1991
- První císař, 1994
- Čína z antropologické perspektivy, 2005 (s Josefem Kolmašem)
- Slovník antropologie občanské společnosti, 2006 (s Marií Dohnalovou)
- Slovník pro studenty antropologie, 2008 (s kolektivem autorů)
- Antropologický slovník (s přihlédnutím k dějinám literatury a umění) aneb co by mohl o člověku vědět každý člověk, 2009 (s kolektivem autorů)

Je také autorem či spoluautorem také vědecko-naučné a umělecko-naučné knihy obracející se k záhadám dávné minulosti a lidské tvořivosti. Jeho vědecké a vědecko-naučné knižní publikace vyšly u nás a v cizině v angličtině, bulharštině, francouzštině, italštině, němčině, rumunštině, ruštině a slovenštině (Academia, Cambridge University Press, Editura Artemis, Electa, Mysl, Obzor, Progress aj.) v celkovém nákladu více než půl milionu výtisků:
- Vzpomínky na minulost aneb Experimenty odhalují tajemství pravěku, 1982, 1992 (autoři Renata a Jaroslav Malinovi)
- Zasáhli mimozemšťané a katastrofy do vývoje lidstva?, 1988 (autoři Renata a Jaroslav Malinovi)
- Obdivuhodný člověk: Úvahy o lidské tvořivosti, 1991 (autoři Renata a Jaroslav Malinovi)
- Dvacet nejvýznamnějších archeologických objevů dvacátého století, 1991 (autoři Jaroslav Malina, Renata Malinová)
- Jak vznikly největší monumenty dávnověku, 1994 (s Pavlem Pavlem)
- Adolf Born, 1995 - (editor, autoři textů - kolektiv autorů)
- Olbram Zoubek, 1996 - (editor, autoři textů - kolektiv autorů)
- Alois Mikulka, 2001
- Vincenc Makovský, 2002 (s Jiřím Hlušičkou a Jiřím Šebkem)
- Vladimír Preclík, 2002 (s kolektivem autorů)
- Zdeněk Macháček, 2005 (s Ninou Dvořákovou)
- Nadace Universitas Masarykiana: 1993–2004, 2005 (editor)
- Bohumír Matal, 2006 (s Ludvíkem Kunderou a Kateřinou Svobodovou)
- Erotikon sochaře Zdeňka Macháčka, 2008 (s Jaroslavem Zvěřinou)
- Vladimír Svoboda, 2008 (s Ninou Dvořákovou)

Beletrie:
- Amor: Počítačový systém k automatickému generování milostných scén, 1993
- První pozemšťan, 1995
- Světová katastrofa a jiné povídky s neblahým koncem, 1996
- Smrt profesora a jiné příběhy z univerzitního prostředí, 1997

V roce 1993 inicioval široce pojatý vědecko-umělecký projekt, jehož výsledkem bude pěti-svazkové dílo a série souvisejících výstav pojmenované Kruh prstenu: Světové dějiny sexuality, erotiky a lásky od počátků do současnosti v reálném životě, krásné literatuře, výtvarném umění a dílech českých malířů a sochařů inspirovaných obsahem této knihy.
V letech 1999–2003 byly vydány preprinty čtyř z pěti svazků a v roce 2007 byl vydán první z dílů této monumentální monografie. V roce 2000 dal vzniknout dlouhodobému vědeckému a výukovému projektu Panoráma biologické a sociokulturní antropologie: Modulové učební texty pro studenty antropologie a „příbuzných“ oborů. V rámci této modulové řady již bylo pod editorským dohledem Jaroslava Maliny vydáno 40 svazků z pera mnoha význačných odborníků.