po skončení vojny vystřídal v kněžské službě několik farností:
- 1950 kaplan v Sokolově
- od 1. 3. 1954 působil jako pomocný kněz u sv. Víta v Praze
- v srpnu 1954 administrátor ve farnosti Stodůlky a od 15. 10. 1958 do roku 1970 působil jako kněz v Kladrubech u Stříbra
- od 17. 11. 1970 spirituál litoměřického semináře
- od září 1974 začal učit v Litoměřicích morální teologii na fakultě již jako profesor a stal se kanovníkem kapituly u Všech svatých v Praze na Hradě
- dne 26. 7. 1989 jmenován sídelním biskupem litoměřickým a 27. srpna téhož roku v katedrále sv. Štěpána vysvěcen na biskupa

dne 24. 12. 2003 - zřeknutí se úřadu,
po nástupu nového biskupa Mons. Pavla Posáda do služby se Mons. ThDr. Josef Koukl stal emeritním biskupem; nadále pobýval na Biskupství litoměřickém a zastával úřad biskupského vikáře pro záležitosti styku se zahraničím