Aktivně se podílel na založení Katedry ochrany a tvorby životního prostředí na PřF UJEP v Brně v roce 1983. V roce 1990 bylo toto pracoviště transformováno na Katedru chemie životního prostředí a ekotoxikologie, z níž vzniklo v roce 1994 RECETOX. Vedl jej téměř čtvrt století jako ředitel a aktivně se podílel na implementaci Stockholmské úmluvy (týkající se ochrany lidského zdraví před účinky škodlivých látek). V rámci jeho projektu byla založena tradice pořádání mezinárodních letních škol, které do Brna přivedly již tisíce mladých vědců. Upozorňoval mimo jiné na problém s nespotřebovanými pesticidy, zdůrazňoval, že v Česku jsou takto zamořené i některé památky, třeba hrad Buchlov nebo barokní divadlo v Českém Krumlově.
Publikoval více než 140 vědeckých prací v zahraničních časopisech, velký význam měla také jeho pedagogická činnost.

Www stránky

"Zemřel Ivan Holoubek, vědec, který chránil českou přírodu před chemií"

"Za Ivanem Holoubkem"

"Zemřel chemik Holoubek. Na nebezpečí toxických látek upozorňoval už za komunismu "