Jeho největší kariérní rozvoj nastal po roce 1996, kdy převzal jako přednosta Neurochirurgickou kliniku FN Brno a LF MU. Na základě inspirace synem Martinem Smrčkou, který se v roce 1996 vrátil z ročního pobytu v americkém Bostonu, a také několika vlastních studijních pobytů (Vídeň, Mainz, Boston), začal provoz pracoviště reorganizovat a zakládat týmy pro jednotlivé subspecializace. Z této doby pochází například první plně endoskopická operace adenomu hypofýzy, provedená v ČR (2002).
Zavedl řadu léčebných metod, např. nový typ léčby výdutí mozkových tepen, stereotaktický způsob operování, endoskopickou léčbu nádorů hypofýzy nosem a mnoho dalších. Jako první u nás a třetí na světě operoval pod kontrolou magnetické rezonance. Na brněnském pracovišti založil neurochirurgickou školu, kde vychoval řadu kvalitních odborníků.

1963–1965 Nemocnice v Teplicích (lékař na chirurgickém oddělení),
od roku 1965 Neurologická klinika FNUSA v Brně (sekundární lékař, od roku 1981 zástupce přednosty pro LPP a od roku 1992 primář),
1996–2005 Neurochirurgická klinika FN Brno a LF MU v Brně (přednosta),
2005–2020 Neurochirurgická klinika FN Brno a LF MU v Brně (profesor-konzultant)

Www stránky

"Smuteční oznámení: zemřel profesor Vladimír Smrčka"

"Zemřel uznávaný neurochirurg Vladimír Smrčka, provedl tisíce úspěšných operací"