Zavedl odborné studium předmětu "Ochrana a tvorba životního prostředí", které ve stejné podobě postupně převzaly všechny přírodovědecké fakulty ČR. Katedru ekologie vedl od založení do roku 2000, kromě let 1990–1994, kdy zastával funkci děkana fakulty. V celé své činnosti usiloval o obnovení přírodní rovnováhy

Otakar Štěrba byl autorem 80 vědeckých publikací, 40 odborných a vědecky populárních knih, 8 vědeckopopulárních krátkých filmů. Účastnil se prvosjezdů horských řek a horolezeckých expedicí. Se svou manželkou Dinou Štěrbovou založil projekt české Nemocnice v Pákistánu, o které natočil dokument Nemocnice na konci světa (2008).