Od roku 1977 se začal účastnit vykopávek. V letech 1977–1982 prováděl výzkum na hradě Brumov nad Vlárským průsmykem. Zde se mu podařilo mimo jiné objevit románský tympanon znázorňující symboliku Krista – vinné listy. Tento objev pomohl datovat osídlení jihovýchodní Moravy do první čtvrtiny 13. století. Nález také pomohl ve výzkumech ostatních hradů v oblasti. V letech 1983–1987 se účastnil archeologických výzkumů na dalších 15 hradech ve Vizovických a Hostýnských vrších. V letech 1984–1991 prováděl výzkum na hradě Lukov. Právě výzkumy hradů Lukov a Brumov se staly základem jeho díla. Po revoluci se také podílel na dalších výzkumech v oblasti střední a východní Moravy - např. Horního náměstí v Přerově, Hradiska v Olomouci, hradu Sovinec či hradu Helfštýn. V letech 1999–2003 se zúčastnil záchranného výzkumu v Malenovicích-Mezicestí a v letech 2004–2005 ve Chmelíně u Kvítkovic (dnes součást Otrokovic). V letech 2005–2007 se mu podařilo na Klášťově u obce Vysoké Pole objevit několik slovanských depotů, z čehož usuzoval, že se jednalo o slovanské obětiště a pravděpodobně také o nejvýznamnější slovanskou lokalitu ve střední Evropě.

Publikace:
- Hrady jihovýchodní Moravy (1995).

1976–1990 Oblastní muzeum jihovýchodní Moravy ve Zlíně,
1990–1992 Archeologický ústav AV ČR v Brně,
1993–2007 Ústav archeologické památkové péče Brno - vedoucí zlínského pracoviště

článek v odborném periodiku

"Zemřel Jiří Kohoutek (30. července 1952 - 5. listopadu 2007)"