Profesor Trojan se věnoval moravské lidové písni, dějinám české i světové opery a hudbě moravských i slezských kantorů v 17. a 18. století. Spartoval a pro praktické provedení realizoval 84 skladeb starých mistrů a připravil 16 edic, zejména děl
Leoše Janáčka.
Na přelomu 20. a 21. století spolu se Zdeňkem Smiřickým znovu objevil moravského barokního skladatele Josefa Schreiera.
Publikoval články v časopisech Opus musicum, Hudební výchova, Hudební věda, Vlastivědný věstník moravský, Český lid, Národopisná revue, Hudební nástroje, Naším krajem, Sborník Státního okresního archivu Přerov, Věstník Historicko-vlastivědného kroužku v Žarošicích, Zpravodaj Muzea Kroměřížska a Zprávy Vlastivědného muzea v Olomouci.
- Muzika Václava Philomata z Jindřichova Hradce (1512), nákladem vlastním, Brno 1951.
- Improvisace doprovodu lidových písní – 1. České písně, Státní pedagogické nakladatelství, 1954.
- Vývoj české a slovenské hudby – díl I. (1. vydání), Státní pedagogické nakladatelství, Praha 1954.
- Vývoj české a slovenské hudby od nejstarších dob po dovršení národního obrození dílem B. Smetany – díl I. (2., přepracované a rozšířené vydání), Státní pedagogické nakladatelství, Praha 1957.
- Břetislav Bakala – Janáčkovský interpret, Janáčkova akademie múzických umění, Brno 1965.
- Interpretační a repertoárový přínos APS Moravan, in: Akademické pěvecké sdružení Moravan – k 20. výročí své obnovené činnosti, APS Moravan, Brno 1966.
- Vývoj české a slovenské hudby – díl I., Státní pedagogické nakladatelství, Praha 1966.
- Vývoj české a slovenské hudby – díl II., Státní pedagogické nakladatelství, Praha 1966.
- Vývoj české a slovenské hudby – díl III., Státní pedagogické nakladatelství, Praha 1967.
- Tabulky k historii novodobé hudby (1905–1965), Státní pedagogické nakladatelství, Praha 1967.
- Úvod do studia harmonické struktury moravské lidové písně, nákladem vlastním, Brno 1969.
- Dějiny opery – I. Baroko a klasicismus (17. a 18. století), Janáčkova akademie múzických umění, Brno 1979.
- Moravská lidová píseň – melodika, harmonika, Supraphon, Praha 1980.
- Dějiny opery – II. Romantismus (19. století), Janáčkova akademie múzických umění, Brno 1981.
- Dějiny opery – III. Hudební divadlo (20. století), Janáčkova akademie múzických umění, Brno 1982.
- České zpěvohry 18. století (1. vydání), Janáčkova akademie múzických umění, Brno 1981.
- Stručné dějiny opery z hudebně dramaturgického hlediska – I. Baroko, klasicismus, romantismus (1. vydání), Státní pedagogické nakladatelství, 1985.
- Stručné dějiny opery z hudebně dramaturgického hlediska – II. Expresionismus, neoklasicismus, realismus, hudební divadlo 20. století, Státní pedagogické nakladatelství, 1986.
- Operní slovník věcný (1. vydání), Státní pedagogické nakladatelství, Praha 1987.
- Villana hanatica – k hanáckým tancům v 17. a 18. století, Ústav lidové kultury, Strážnice 1987.
- Úvod do hudební dramaturgie opery, Státní pedagogické nakladatelství, Praha 1988.
- Přívětivá krajina hudby – fejetony o české hudbě a hudebnících, Ostrava, Profil 1989.
- Stručné dějiny opery z hudebně dramaturgického hlediska – I. Baroko, klasicismus, romantismus (2. vydání), SPN – pedagogické nakladatelství, Praha 1990.
- Moravské vánoční pastorely – 10 drobných skladeb pro klavír (zpěv) ve snadném slohu, Editio Moravia, Brno 1992.
- Lidové písně z Moravy a Slezska – 200 nápěvů s akordickými značkami pro zpěv a kytaru, harmoniku nebo klavír, Bärenreiter Editio Supraphon, Praha 1995.
- Nové národní písně Františka Bartoše (1882), Muzeum jihovýchodní Moravy, Zlín 1996.
- Personální bibliografie, nákladem vlastním, Brno 1997.
- Kantoři na Moravě a ve Slezsku v 17.-19. století, Muzejní a vlastivědná společnost v Brně, Brno 2000.
- Personální bibliografie, nákladem vlastním, Brno 2001.
- Dějiny opery – tvůrci předloh, libretisté, skladatelé a jejich díla, Paseka, Praha 2001.
- Moravské vánoční pastorely – deset drobných skladeb pro klavír a zpěv v jednoduché úpravě, Editio Moravia, Brno 2001.
- Operní slovník věcný (2. vydání), Janáčkova akademie múzických umění, Brno 2001.
- Josef Schreier (1718-?) – podivuhodné osudy života a díla zapomenutého moravského skladatele a kantora, Votobia, Olomouc 2005.
- Personální bibliografie, nákladem vlastním, Brno 2006.
- České zpěvohry 18. století (2., přepracované vydání), Janáčkova akademie múzických umění, Brno 2007.
- Josef Schreier – Missa pastoralis (in C boemica), Zdeněk Smiřický: Z mozaiky pamětihodností městečka Dřevohostice, Vlastivědná společnost Žerotín, Dřevohostice 2008.
