Práce o fauně pražských studní, o českých houbách, o morfologii a systému sporoštětinatých červů, o ploštěnkách, strunovcích a pijavkách, o houbách a některých korýších.

Specializoval se především na embryologii. Ta byla od poloviny 19. století novým oborem, který se bouřlivě rozvíjel a kde docházelo ke stále novým převratným objevům.
Sám Vejdovský roku 1886 objevil centrum buněčného dělení - centrozom. Zasáhl tím i do rozvíjející se genetiky, protože centrozom je nositelem genetické informace organizmu. Velkou pozornost věnoval studiu buněčného jádra a zevrubně své výsledky zveřejnil v práci "Zum Problem der Vererbungsträger" a "Struktura a vývoj živé hmoty". Další významnou prací z oboru embryologie a cytologie byl jeho spis "Zrání, oplození a rýhování vajíčka".

Významné bylo také jeho působení v oblasti moderní hydrobiologie. Na žádost pražského magistrátu provedl rozsáhlý výzkum fauny pražských studní, při němž objevil nový druh drobného korýše, kterého pojmenoval Bathynella nataus. Nález vzbudil ve vědeckých kruzích značný rozruch, ale teprve poté, co byl v roce 1914 objeven další exemplář ve studni v Basileji, byla uznána jeho existence jako samostatného druhu.
Vedle rodu Bathynella objevil další rody - Microplana, Drilophata, Potamothrix, Phreazorhrix, Dohemilla.