Kvadratická stavba převyšující výrazně své okolí. Ukončena byla pravděpodobně polygonálním presbytářem. Na dobové kresbě je zachycen částečně vzhled gotického průčelí, respektive stupňovitého štítu. Kapli kryla vysoká stanová střecha, na níž byl někde v místech nad vítězným obloukem vystavěn sanktusník. V době svého zbourání v roce 1887 byla kaple již bez presbytáře, který byl zřejmě zbourán v rámci barokně - klasicistních úprav.
Solitérně stojící stavba byla po roce 1470 spojena se západněji stojícím domem kartuziánů. Zřejmě ve stejném období bylo při jižní straně presbytáře vystavěno polygonální schodiště. Prolomen byl nový vchod na severní straně lodi osazený pozdně gotickým portálem. Později kaple prošla barokní přestavbou (1736), kterou provedl známý architekt Mořic Grimm; středověká stavba byla celá oplentována a opatřena barokní fasádou.

Z dobového článku je možné se dočíst o přibližné podobě interiéru (po barokní přestavbě, překlad z němčiny): "Johann Schauberger ji vyzdobil krásnými sochami a plastikami, zatímco Joseph Rotter namaloval hlavní oltářní obraz sv. Mořice. Stropní malba na klenbě zobrazuje sv. Mořice, plukovníka v římském majáku, vedeného římským knězem k soše skřeta, kterého má obětovat, ale sám se od ní odvrací. Scénu obklopují římští válečníci a emblémy. Zbývající stropní panely i stěny jsou vymalovány postavami a vojenskými atributy, které rámují architektonické vlysy a ornamenty a zdobí je četná zlatá výzdoba ve vodě zeleném odstínu. Architektonické detaily, stejně jako arabesky mezi okny, jsou vymalovány mokrou maltou. Na panelu stropní fresky je napsáno jméno umělce: „Franc. Egstein pinx, in Honor. Mau. M. 1737."
Vnitřní kaple je 6 sáhů na délku, 5 stop na délku a 4 sáhy na 3 stopy na šířku. Je zdobena čtyřmi vyčnívajícími sloupy zakončenými iónskými hlavicemi, které podpírají nízkou stropní klenbu. Tyto sloupy byly původně pokryty rustikou, později však umělým mramorem.
Po rekonstrukci do ulice směřují dvě vysoká okna, zatímco okna směřující do zahrady byla zazděna, stejně jako dveře. Z ulice se zachovaly pouze vstupní dveře. V rohu, napravo od bývalého hlavního oltáře, který stál v půlkruhovém výklenku, jsou malé dveře vedoucí na půdu po úzkém kamenném točitém schodišti. Nad hlavicemi prvního pilíře je obraz znázorňující náboženskou toleranci, zatímco na zadní stěně je znázorněn sbor s anděly hrajícími hudbu. Uprostřed kaple, na podlaze, leží mramorový kámen dlouhý jeden sáh a široký tři stopy, který, zajištěný dvěma železnými kroužky, zakrývá vchod do krypty. Na něm je erb a následující nápis v latině: Dne 23. ledna 1620 zemřela a je zde pohřbena manželka urozeného pána Hanse Bernhardta Fünffkirchera, paní Barbora, rozená von Teüffenbach von Mairhoffen vnd Dürnholz.“ 10. března následoval svou matku nejmladší syn Hans Andre Fünfkircher a byl zde pohřben. Když před 20 lety nechal c.ak. konzervátor a kustod Františkova muzea, pan Moriz Trapp, náhrobek vyjmout a kryptu prozkoumat, byla prázdná."

Zároveň byla pod kaplí zřízena kostnice. Císař Josef II. totiž zrušil hřbitov, který obklopoval kostel svatého Jakuba. A tak z něj vyzvednuté kosti umístili právě do nově zřízené kostnice pod kaplí i pod svatojakubským chrámem.
Kaple musela být alespoň částečně podsklepena již v renesanci, což dokládá terénní situace pod východní částí kaple s odkrytým vstupem do suterénu.
Kaple byla v roce 1788 uzavřena a využívána jako sklad pro církevní potřeby kostela sv. Jakuba, posléze sloužila jako sklad obilí. V důsledku toho se stropní malby zaprášily, barvy značně utrpěly a malba na stěnách byla také silně poničena, poté kaple ještě nějaký čas sloužila jako sklad papíru.

Kaple byla zbořena v roce 1887 společně s přilehlým domem Kartuziánů, aby na jejím místě mohla být vystavěna Dívčí škola korunní princezny Štěpánky.

Monografie

"Kostnice u sv. Jakuba (s fotografiemi Petra Barana a Petra Francána)"