Po likvidaci všech teologických fakult a řádových učilišť u nás v roce 1950 a po vytvoření okleštěné Cyrilometodějské fakulty v Praze byl v říjnu 1950 jmenován jejím profesorem, což ale vzhledem k nesouhlasu většiny kněží a biskupů s touto institucí nepřijal s odůvodněním, že byl jmenován v září 1950 kaplanem u sv. Jakuba v Brně a cítí se vytížen.

po studiích teologie v Brně byl vysvěcen na kněze v roce 1932

1932–1933 kaplan ve Křtinách,
v roce 1933 odjel na biblická studia do Jeruzaléma, kde zároveň působil jako vicerektor hospice Svaté rodiny pro poutníky,
od roku 1936 byl po dvě léta prefektem chlapeckého semináře v Brně, pak se stal profesorem biblistiky na teologickém učilišti v Brně a ředitelem Sušilových kolejí,
v teologickém učilišti působil do dubna 1948, kdy nastoupil jako představený v brněnském alumnátě

Kvůli oprávněné obavě ze zatčení se po několikatýdenním opakovaném léčení rozhodl odejít za hranice. Od ledna 1951 se začal skrývat a jeho známá paní Petrová mu přislíbila zajistit přechod přes hranice. Dne 1. března 1951 s ní odjel do Bratislavy, kde jej vyzvedl „převaděč“, který jej měl dopravit přes Dunaj na rakouskou stranu. Po cestě k řece byli na konečné tramvaje obstoupeni třemi muži v civilu a P. Koutný zatčen.
Následujícího dne byl převezen do vazby v Brně. Zde byl vyslýchán pro své kontakty s vězněnými kněžími z Brna a okolí, kvůli poznatkům o skrytých církevních strukturách, vědomostech o ukrývání P. J. Dokulila ad.
Dle verze vyšetřovatelů byl ve vazbě získán pro spolupráci s StB. Poslední zpráva z vyšetřovacího svazku zní: „Na příkaz řídícího orgánu z 2. oddělení vedoucího strážmistra O. Č. byl dne 28. 4. 1951 propuštěn na svobodu J. Koutný. Bližší okolnosti nejsou známy, z jakých důvodů byl propuštěn." Tato zpráva je datována až 2. května 1951 a ke spisu byla připojena dodatečně, neboť už 29. dubna Státní bezpečnost příbuzným oznámila, že P. Josef Koutný byl nalezen mrtev v odstaveném vagónu na nádraží v Libině u Šumperka. Jako smrt příčiny uvedli oběšení. Dle zaznamenaného svědectví P. Rudolfa Vašíčka sestra P. Koutného s manželem a vedoucím pohřebním služby v Šumperku p. Neuwirthem do Libiny ihned odjeli a mrtvého identifikovali.
O vzpomínce sestry P. Koutného na tuto událost P. Vašíček píše: „Mrtvý byl na pohled bílý, ale jedno ucho s okolím měl silně modré až zčernalé. Pan Neuwirth tehdy prohlásil: Jako vedoucí pohřební služby jsem už viděl mnohé oběšené. Zde však vůbec nevidím žádné známky takovéto příčiny smrti." Rodině nebylo umožněno, aby si zemřelého prohlédla zevrubněji, při pohřbu střežila rakev hlídka StB, aby nedošlo k případnému otevření rakve.
Verze StB o sebevraždě P. Koutného má tedy vážné trhliny a vzhledem k podlitinám na těle a přísným opatřením při pohřbu nutně vybízí k úvaze o jeho smrti při výsleších a následné kamufláži sebevraždy.

Koutného (Líšeň)

Kostel sv. Jakuba
Rašínova
místo jeho působení v duchovní správě v roce 1950

27. 4. 1968
Manifestační zemský sjezd moravskoslezský K 231 v Brně
kněz, oběť komunistické perzekuce 2. 4. 1909
Vznik „Spolku poutníků diecesí moravských do Svaté země“
člen spolku

Do, Ma