Jako začínající architekt krátce působil v brněnském Stavoprojektu pod vedením architektů Otakara Oplatka a Františka Zounka se mimo jiné podílel na projektu budovy Janáčkova divadla.
Během působení v BVV navrhl řadu výstav a veletržních expozic, projektoval jednotlivé pavilony i veletržní infrastrukturu. Věnoval se také urbanistickému řešení veletržních areálů a teoretické činnosti. Měl možnost navrhovat expozice mj. do Vídně, Zagrebu, Milána, Teheránu nebo Chartúmu. Výstavy v Tripolisu a Santiagu de Chille získaly zlatou medaili za architektonické řešení. Zkušenosti ze světových výstav a veletrhů i znalost mnoha zahraničních výstavišť zúročil v urbanistických studiích veletržních areálů v Trenčíně a Bratislavě a především v rámci svého dlouholetého působení na brněnském výstavišti.
Na přelomu 80. a 90. let Zdeněk Müller působil krátce také jako pedagog na brněnské FA VUT v Brně. Po roce 2000 se začal věnovat také publikační činnosti. Stavební historii veletržního areálu zpracoval v knize Brněnské výstaviště – stavba století (2002). Následovala spolupráce na knize Bomby nad Brnem (2005) a publikace Výstava soudobé kultury, Brno 1928 (2008). V roce 2017 se spolu s Ivanem Rullerem zúčastnil urbanistické soutěže, hledající nové podněty pro další rozvoj veletržního areálu, a jejich návrh byl oceněný ve druhém kole soutěže.